Universiteto rūmai pradėjo formuotis XVI a. vyskupo jurisdikcijoje, mūriniais namais užstatytame kvartale, kurį rėmina keturios Vilniaus gatvės: Universiteto (buvusi Vyskupų), Šv. Jono, Pilies ir Skapo. Rūmų ansamblio meninės formos atspindi pagrindinius Lietuvoje vyravusius architektūros stilius: gotiką, renesansą, baroką, klasicizmą. Per keturis šimtmečius ne kartą keitėsi Universiteto pastatų paskirtis, planai ir architektūros formos. Senuosiuose Universiteto rūmuose įsikūrę Istorijos, Filologijos ir Filosofijos fakultetai, Užsienio kalbų institutas, Universiteto biblioteka, rektoratas. Dabartinį Universiteto rūmų ansamblį sudaro Šv. Jonų bažnyčia ir varpinė, 13 kiemelių su 13 pastatų, turinčių po kelis korpusus, dalis kurių priklauso Filologijos fakultetui. Tai M. K. Sarbievijaus, S. Daukanto, A. Mickevičiaus, S. Stanevičiaus, Arkadų ir L. Gucevičiaus kiemai.
M. K. Sarbievijaus kiemas
M. K. Sarbievijaus kiemas. Antras pagal dydį Vilniaus universiteto kiemas šiandien yra pagrindinis Filologijos fakulteto kiemas. XVI a., Vilniaus kolegijos laikais, kiemas vadintas šeimyniniu. Šiauriniame korpuse buvo bravoras su salykline, stalių dirbtuvės, šeimyninė, kepykla, svirnai grūdams, arklidės, o rytiniame – gyveno kalviai, batsiuviai, siuvėjai, knygrišiai. Bravoro vietoje, dabartinio dekanato pastato I aukšte, šiuo metu įsikūręs Skaitmeninės filologijos centras. Panaikinus jėzuitų ordiną, šie pastatai prarado ūkinę funkciją. 1799–1801 m. šiaurinį korpusą rekonstravo Mykolas Šulcas, o XIX a. pradžioje rytinį korpusą perstatė architektas Karolis Podčašinskis ir visus tris aukštus sutvirtino masyviais klasicistiniais kontroforsais, pastate įrengti butai profesoriams. Viename jų gyveno architektas Mykolas Angelo Šulcas (1769–1812 m.), pats antikiniais orderiais dekoravęs savo butą, vieną iš nedaugelio išlikusių Vilniaus gyvenamųjų namų klasicizmo stiliaus interjerų, taip pat perstatęs universiteto Aulą iš senosios barokinės iškilmių salės. Klasicistinės architektūros suklestėjimas XVIII a. pab.–XIX I p. Vilniaus meno mokyklos gyvavimo periodu sunkiai įsivaizduojamas be nenuilstamo Vilniaus Imperatoriškojo universiteto architektūros profesoriaus, Lauryno Gucevičiaus mokinio ir padėjėjo, Vilniaus universiteto architektūros katedros profesoriaus Šulco veiklos. Savo butą Architektūros katedros profesorius naudojo kaip vaizdinę priemonę studentams, aiškindamas architektūros detalių subtilybes, supažindindamas su graikų bei romėnų orderių skirtumais. Vėliau čia gyveno grafikas prof. Josephas Saundersas, architektas Karolis Podčašinskis. Šiuo metu restauruotame buvusiame profesorių bute III pastato aukšte įsikūręs Filologijos fakulteto dekanatas. Senojo universiteto klestėjimo laikais buvo įprasta, jog garsi jo profesūra neretai ilgam laikui įsikurdavo akademijos patalpose, kur įsirengdavo jaukius ir meniškai puošnius gyvenamuosius butus.
Vakariniame sparne – trijų aukštų bibliotekos pastatas. Dabar šie korpusai yra naujai restauruoti ir kartu su kieme augančiu Poezijos pavasario beržu, po kurio lapų vainiku daugybę metų skambėjo ir dar skambės garsių poetų eilės, priklauso Filologijos fakultetui. Prie vakarinio kiemo sparno, virš vartų, pritvirtinta balto marmuro paminklinė lenta poetui Motiejui Kazimierui Sarbievijui.
Veikiausiai seniausi yra pietiniai kiemo pastatai, juose išlikusi XVII a. struktūra, o fasadas primena didelės bažnyčios šoninį fasadą. Akademijos laikais pastato pirmame aukšte buvo atviros arklidės. Pietinis kiemo sparnas turi masyvius dviejų aukštų kontroforsus su nišomis ir praėjimą su XX a. pr. metaliniais vartais ir aukštyn kylančiais granito laiptais, kurie jungia šį kiemą su Didžiuoju. Virš praėjimo Vinco Kudirkos „Varpo“ 100 m. jubiliejinis paminklas. Šio pastato paradinė pusė, iš Didžiojo kiemo, buvo rekonstruota, o M. K. Sarbievijaus kiemo dalis išsaugojo XVI a. architektūrines formas. Rytiniame korpuse po rekonstrukcijos, skirtos 400 metų universiteto sukakčiai, įsikūrė Lituanistikos centras, knygynas „Littera“. Tuo pat metu nemažai Filologijos fakulteto skaityklų ir vestibiulių pasipuošė žymiausių lietuvių dailininkų freskomis: Rimtauto Gibavičiaus, Petro Repšio, Vytauto Valiaus. Knygyną puošia dailininko Antano Kmieliausko tapyba (1978–1979 m.), įamžinti senojo Vilniaus universiteto mokslus ir menus. Kmieliauskas tais laikais buvo valdžios nepageidaujamas menininkas ir reikėjo drąsos duoti užsakymą būtent jam. Ant skliautus rėminančių piliorių – žymiausių Vilniaus universiteto profesorių ir auklėtinių, mecenatų portretai, nutapyti remiantis išlikusiais autentiškais dokumentais: Vilniaus jėzuitų kolegijos įkūrėjo vyskupo Valerijono Protasevičiaus, astronomo rektoriaus Martyno Počobuto, dailininko Pranciškaus Smuglevičiaus, istoriko Joachimo Lelevelio, mediko Johano Franko ir kitų. Šiame pastate be Lituanistikos padalinių: Lietuvių literatūros, Lietuvių kalbos, Lituanistinių studijų, Baltistikos katedrų įsikūrusi ir Donelaičio skaityka, o požeminis praėjimas jungia su gretimo kiemo statiniu - Domus Philologus.
1919 m. kiemui suteiktas žymiausio jėzuitų Universiteto žmogaus, retoriko ir poeto Motiejaus Kazimiero Sarbievijaus vardas. Šiuo metu Sarbievijaus kiemas – mėgstama studentų susibūrimo vieta. Čia jau daug metų iškilmingai ir labai išradingai fontane krikštijami universiteto pirmakursiai filologai, vyksta daug linksmų studentiškų švenčių, Poezijos pavasario vakarai.
S. Daukanto kiemas
S. Daukanto kiemas. Pasakojama, kad pirmosios Lietuvos istorijos lietuvių kalba autorius Simonas Daukantas taip norėjęs mokytis Vilniaus universitete, kad į Vilnių atėjęs pėsčias iš Žemaitijos. Kiemelio viduryje augantis ąžuoliukas atkeliavo iš jo gimtojo Klevų kaimo, pasodintas universiteto 400 metų sukakties proga, tačiau pirmasis neprigijo, teko persodinti Sirvydo kieme, o Daukanto kieme sodinti antrąjį. Tačiau neprigijo ir tas, vėl perkeltas į Sirvydo kiemą, kur abu jie galbūt filologijos poveikio kiemo mikroklimate auga puikiai. Tad dabar kieme augantis ąžuolas yra jau trečiasis. Ši universiteto rūmų dalis yra daug vėlesnė už Sarbievijaus kiemo statinius, pradėjo formuotis XVIII a. pabaigoje iš universitetui dovanotų Vilniaus didikų namų. Į kiemą patenkama siauru praėjimu iš Sarbievijaus kiemo, kiemo pietinio korpuso vakarinės dalies antrąjį ir trečiąjį aukštą dengia renesansinis atikas, papuoštas dvigubomis, aukštais piliastrais paremtomis arkutėmis. Šis pastatas, manoma, statytas XVI–XVII a. sandūroje, naudotas ūkiniams reikalams. Čia buvo arklidės, stalių dirbtuvės, bravoras, o antrame aukšte – svirnai. Šis kiemo korpusas po XVIII a. pabaigos perstatymų buvo paskirtas profesorių butams. Restauruojant Filologijos fakulteto Vertimo studijų katedros patalpas, buvo atidengtas vieno buto sienas puošusios freskos fragmentas, kuriame išlikusi ir data – 1794 m.
Ant rytino pastato puikuojasi lotyniškas užrašas „Domus Philologiae“ – liet. „Filologijos namai“, jo antrojo aukšto Mūzų vestibiulį puošia garsaus Lietuvos grafiko Rimtauto Gibavičiaus freska, sukurta dar 1969 m. Freska vaizduoja devynias mūzas – menų globėjas. Ilgas koridorius veda prie kitos, grafiko freskos, pagerbiančios žymiausius Lietuvos istorikus, poetus, dailininkus ir architektus. Dešinėje pusėje, buvusioje Užsienio kalbų skaitykloje, Šarūno Šimulyno freska „Mažvydas Ragainės fone“. Koridoriuje prie skaityklos išsaugotos autentiškos medinės lubų sijos. Klasikinės filologijos katedros vestibiulį, kurį puošia dailininko Vitolio Trušio sukurta mozaika iš lauko akmenų, vaizduojanti pagoniškus lietuvių dievus. Šalia įsikūrusi Klasikinės filologijos katedra.
Šiaurinis ir vakarinis korpusai vėlesni. Ant šiaurinio korpuso sienos – skulptoriaus Romano Kazlausko sukurtas Simono Daukanto bareljefas. Vakarinis korpusas pritaikytas universiteto spaustuvei. Kieme dabar įsikūręs ir Užsienio kalbų institutas, o didžioji patalpų dalis priklauso Filologijos fakultetui. Šiaurinį korpusą puošia paminklinė lenta, įrengta pasaulio tautų teisuolės Onos Šimaitės, dirbusios universiteto bibliotekoje ir palaikiusios ryšius su Vilniaus geto kaliniais, gelbėjusios ir rėmusios Vilniaus žydus, atminimui.
A. Mickevičiaus kiemas
A. Mickevičiaus kiemas. Venas didžiausių kiemų rytinėje universiteto rūmų ansamblio dalyje – Adomo Mickevičiaus kiemas. Įvažiavimai kiemą jungia su Daukanto kiemu ir Pilies gatve, supa lygios sienos, suskaidytos monotoniškomis langų eilėmis, – toks kiemo vaizdas susiformavo po XIX a. antrosios pusės rekonstrukcijų, visus pastatus sujungus po bendru stogu pagal 1873 m. architekto Josifo Levickio projektą užstačius ir vakarinę kiemo dalį. Anksčiau kiemą supę statiniai priklausė didikams Masalskiams, Zavišoms, Hevliams, Oginskiams. Kiemo rytinis sparnas pats seniausias. XVI a. jo vietoje prie gatvės stovėjo trys namai, kurie XVIII a. antroje pusėje buvo sujungti į vieną pastatą, kurį Vilniaus vyskupas Ignotas Jokūbas Masalskis 1775 m. padovanojo Vilniaus universitetui: vyskupas savo rūmus išsikeitė su Edukacine komisija į kitus nacionalizuotus buvusius jėzuitų namus.
Masalskio rūmai buvo sujungti su keliomis šalia esančiomis valdomis, juose planuota įrengti valstybinį moksleivių bendrabutį. 1795 m. juose įrengta Vilniaus kadetų korpuso artilerijos mokykla, kuri čia veikė iki 1806 m. Vėliau pastatas atiteko universitetui. Jame iki 1832 m. gyveno universiteto rektorius Stanislavas Malevskis, o namas buvo vadinamas rektorių namais. Su Malevskio sūnumi Pranciškumi draugavo Adomas Mickevičius, vienas žymiausių Vilniaus universiteto auklėtinių, studijavęs jame 1816–1819 m. Poetas kurį laiką gyveno greta, pas savo giminaitį Vilniaus universiteto Fizikos ir matematikos fakulteto dekaną, profesorių Juozapą Mickevičių Skapo gatvėje, veikiausiai viename iš dabartinio Arkadų kiemelio pastatų. 1955 m., poeto 100-ųjų mirties metinių proga, ant šio pastato iš Pilies gatvės pusės, virš vartų į kiemą, buvo iškilmingai atidengta memorialinė lenta.
Pietinį sparną XVIII a. pr. Aleksandras Oginskis užrašė jėzuitams ir kaip palikimą perdavė universitetui. Pastato restauracijos metu 1968 m. atidengtas gotikinis namo fasadas iš Pilies gatvės pusės. Uždarius universitetą rytiniame korpuse veikė Vilniaus II gimnazija. Po Antrojo pasaulinio karo rytiniame korpuse kurį laiką buvo įsikūręs Lietuvos istorijos etnografijos muziejus. Pietinis kiemo sparnas statytas XVIII a. pabaigoje.
S. Stanevičiaus kiemas
S. Stanevičiaus kiemas. Už A. Mickevičiaus kiemo į pietus yra nedidelis ir jaukus, uždaras, pailgas ir kiek izoliuotas nuo visų rūmų kiemas pavadintas vieno iš Vilniaus universiteto studentų, žemaičių sąjūdžio dalyvio, lietuvių rašytojo ir tautosakininko Simono Stanevičiaus vardu. Šį kiemą, kaip ir kitus, supa keliaaukščiai pastatai, kuriuose buvo butai, o dabar – Filologijos fakulteto auditorijos ir kabinetai. Archyviniuose dokumentuose minima, kad XVI–XVII a. sandūroje prie Pilies gatvės buvo pastatytas dviejų aukštų mūrinis namas ir ūkinis korpusas kiemo gale, jie 1630 m. atiteko Vitebsko kaštelionui T. Kosakovskiui. 1666 m. namą nusipirko P. Pozniakas, iš kurio 1672 m. jį perėmė Ambraziejaus Beinarto bursa. Triukšminga kaimynystė ne visiems patiko, miestiečiai skundėsi studentų eibėmis. Tad kai XVIII a. namas atiteko Vilniaus katedros kapitulai, studentai jame nebegyveno, jis imtas nuomoti miestiečiams.
Pastatai 1748 m. nukentėjo nuo gaisro, suremontuoti tik XIX a. pr. pagal architekto Žozefo Pusjė (Joseph Poussier) projektą: užstatyti abiejų korpusų tretieji aukštai, pakeista fasado puošyba. Žinoma, kad 1808 m. name L. Volfas turėjęs cukrainę, vėliau veikė smuklė, o nuo 1857 m. priklausė gimnazijai. 1873 m. pastatas prijungtas prie universiteto ansamblio pagal architekto Ivano Levickio projektą: pastatai per antro aukšto koridorius sujungti su kitais Vilniaus universiteto architektūrinio ansamblio korpusais. Tarpukariu pastate įrengti butai, o 1966–1968 m. kiemo fasadai atnaujinti pagal architekto Stanislovo Mikulionio projektą, juos paįvairina antro ir trečio aukšto medinės balkoninės galerijos. Kiemą supančiuose pastatuose dabar įsikūrusios klasikinės filologijos ir užsienio kalbų katedros, o įvažiavimas jungia jį su Pilies gatve.
Arkadų kiemelis
Arkadų kiemelis. Kai XVII a. buvo sujungti du galais į Skapo gatvę stovėję namai, susidarė uždara nedidelė erdvė. XVIII a. jie priklausė Korvinų-Kosakovskių šeimai, o 1815 m. atiteko universitetui, kur 1832 m. pagal architekto Karolio Podčašinskio projektą įrengti butai gimnazijos mokytojams. 1873 m. pagal architekto Ivano Levickio projektą Simono Daukanto kiemo šiaurinės pusės namai sujungti uždara galerija, laikoma masyvių keturkampių kolonų. Taip atsiskyrė nedidelė, jauki erdvė, šiuo metu vadinama Arkadų kiemeliu. Kiemelio fasadai atgręžti į Skapo gatvę, o vidinę pusę puošia atviros pirmo aukšto įvairaus pločio segmentinės arkos ir nišos. Įvažiavimą iš gatvės dengia barokiniai cilindriniai skliautai su lunetėmis ir ramstinėmis arkomis. 1974 m. kiemelis restauruotas pagal architektės Elenos Urbonienės projektą. Kiemelio puošmena – metaliniai vartai į Skapo gatvę, iškalti pagal skulptoriaus Juozo Kėdainio projektą, puošti tautodailės motyvais. Šiuo metu kiemelį supančiuose pastatuose įsikūrusi ir Studentų atstovybė.
L. Gucevičiaus kiemas
L. Gucevičiaus kiemas. Žymiojo klasicizmo laikotarpio Lietuvos architekto vardu pavadintas kiemelis – vienas iš labiausiai izoliuotų, į jį galima patekti per siaurą koridorių iš Arkadų kiemelio arba per kavinę. Iki XVIII a. pab. aplinkiniai pastatai priklausė Oginskiams, vėliau Pliateriams. Kai 1775 m. Edukacinė komisija įsigijo į rytus nuo M. K. Sarbievijaus kiemo esantį namą ir jai atiteko jėzuitų turtai, universiteto rūmų kompleksas prasiplėtė iki Pilies gatvės. Pastatų erdvė ir planinė struktūra klasicizmo ir istorizmo laikotarpių, išliko daug gotikinių elementų, aplink šį kiemelį esančiuose pastatuose įsikūrė Lietuvos artilerijos kadetų mokykla, o universiteto auklėtinis, profesorius, Vilniaus katedros, rotušės ir Verkių rūmų statytojas Laurynas Gucevičius vadovavo Architektūros katedrai, skaitė matematikos, topografijos ir fortifikacijos paskaitas. 1795 m., Lietuvai tapus Rusijos imperijos dalimi, pastatuose įsikūrė rusų kadetų korpusas. Kai 1806 m. kadetų korpusas perkeltas į Gardiną, kelerius metus čia buvo gimnazija, 1812–1815 m. – ligoninė.
Po 1873 m. perstatymų šioje vietoje susiformavo uždaras puikios akustikos kiemas, pavadintas Gucevičiaus garbei. Čia įsikūrė Vilniaus mokytojų institutas. 1919 m. namas vėl atiteko universitetui. Stepono Batoro universiteto laikais čia gyveno universiteto profesoriai, rytinio korpuso antrajame aukšte iš Pilies gatvės pusės 1933 m. įkurtas Archeologijos muziejus, kurio pirmieji eksponatai buvo Vilniaus senienų muziejaus likučiai. Po Antrojo pasaulinio karo, kaip ir gretimame name Pilies g., iki 1968 m. veikė Lietuvos istorijos ir etnografijos muziejus. Kiemas restauruotas 1972 m. pagal architektės Elenos Urbonienės projektą. Atkasus ir restauravus gotikinius rūsius, buvo įrengta studentų kavinė „Žaltvykslė“ ir universiteto kamerinis teatras. Ilgas, siauras koridorius jungia šį kiemą su Arkadų kiemeliu. Šiaurinio korpuso sienoje pritvirtinta skulptoriaus Konstantino Bogdano sukurta memorialinė lenta su Gucevičiaus reljefu. Šiuo metu kiemelyje įsikūręs A. J. Greimo semiotikos ir literatūros teorijos centras, Orientalistikos centras, rūsyje veikia studentų Požemio teatras.