Siekdami užtikrinti mokslinių tyrimų rezultatų sklaidą, Fakultete kasmet rengiame ne vieną tarptautinę mokslinę konferenciją, jose dalyvauja ir pranešimus skaito šalies bei užsienio mokslininkai. Jau tradicija tapusi šios tarptautinės konferencijos: Jono Kazlausko diena, Kazimiero Būgos konferencija, Baltistų kongresas, Jono Jablonskio konferencija. Kasmet Fakultete skatinama dėstytojų mokslinė veikla, rengiamos tradicinės studentų konferencijos (anglistų, germanistų, lituanistų, polonistų), kuriose baigiamųjų kursų studentai ir doktorantai pristato savo mokslinius darbus.
Fakulteto bendruomenės nariai aktyviai dalyvauja tarptautinėse užsienio konferencijose, yra įvairių tarptautinių ir nacionalinių mokslinių organizacijų, jungiančių tyrėjus, pedagogus, mokslininkus, visuomenininkus, nariai. Fakulteto mokslininkai ir dėstytojai yra pelnę nacionalinį ir tarptautinį pripažinimą. Tai liudija suteikti užsienio universitetų garbės vardai, apdovanojimai, padėkos raštai, mokslo premijos ir ordinai.
Fakultete veikia Mokslo kolegija. Ši kolegija koordinuoja Fakulteto mokslo veiklas ir formuoja jų kryptį strateginiais veiklos dokumentais ir Universiteto strategija. Filologijos fakulteto Mokslo kolegiją sudaro 5 direktorės ir 4 nariai mokslininkai (2 kalbininkai ir 2 literatai).
Fakultete vykdomi šių krypčių moksliniai tyrimai:
- Lituanistika: filologinis, kultūrinis ir tarpdalykinis aspektai;
- Įvairiakalbiai diskursai: lingvistika, literatūra, kultūra, tarpdalykiniai aspektai.
Šios kryptys apima temas:
- Baltų kalbų, tekstų ir kultūrų tyrimai;
- Sinchroniniai ir diachroniniai fonologinės, leksinės ir gramatinės lietuvių kalbos sistemos tyrimai;
- Lietuvių literatūra ir tarpkultūriniai tyrimai;
- Antikos kultūra ir Lietuvos lotyniškoji bei graikiškoji raštija: tradicija, recepcija, kontekstai;
- Germanų, romanų ir baltų kalbų tyrimai;
- Germanų, romanų literatūros ir kultūros tekstai;
- Gramatika ir semantika;
- Visuomenės, kalbos ir kultūros tyrimai Šiaurės ir Vidurio Europoje;
- Modernūs rusų kalbos ir literatūros tyrimai įvairių kultūrų kontekstuose;
- Semiotika ir humanitariniai mokslai;
- Meta-kognityvieji vertimo kaip dvikalbės komunikacijos tyrinėjimai;
- Lyginamosios literatūros studijos;
- Kalbų vartosena ir mokymas(is);
- Leksika ir diskursas: semantika, idiomatika, žodynas;
- Diachroninė ir achroninė leksikografija bei metaleksikografija;
- Dabartinių kalbų mokymas ir mokymasis kaip bendrųjų ir dalykinių kompetencijų ugdymo sąlyga;
- Struktūriniai, semantiniai, fonetiniai ir funkciniai dalykinių kalbų tyrimai;
- Lingvistiniai medijų tyrimai.