Nuo pirmųjų jėzuitų kolegijos įkūrimo 1570 m. klasikinių kalbų – pirmiausia lotynų, bet taip pat ir senovės graikų bei hebrajų – dėstymas tebėra neatsiejama Vilniaus universiteto istorijos dalis. Nors Filologijos fakulteto pavadinimas istorijos šaltiniuose išnyra tik 1944 m., filologinės studijos vienaip ar kitaip dėstomos seniau nei jėzuitų kolegija tapo universitetu.
Be klasikinių kalbų domėtasi ir lietuvių kalba, kuri XVII a. buvo laikoma tik šnekamąja greta oficialiai valstybės raštijoje vartotų lotynų, rusėnų ir lenkų kalbų. Universiteto absolvento, lietuvių kalbininko ir rašytojo Konstantino Sirvydo (1579–1631) „Trijų kalbų žodynas“ tapo pirmu spausdintu lietuvių kalbos žodynu ir netgi padėjo pamatus vėlesnėms lietuvių leksikologijos ir lietuvių kalbotyros studijoms.
1803 m. literatūros studijos sulaukė dar daugiau dėmesio, kai naujai patvirtintas Vilniaus imperatoriškojo universiteto statutas numatė 4 skyrius-fakultetus: Fizikos-matematikos, Medicinos, Moralinių ir politinių mokslų bei Literatūros ir laisvųjų menų. Pastarajame dėstytas retorikos, poezijos, graikų, lotynų ir rusų kalbų bei literatūros paskaitas lankė Simonas Daukantas, Simonas Stanevičius, Adomas Mickevičius ir kiti vėliau Universiteto vardą ne tik Lietuvoje garsinę studentai. Čia 1817 m. savo slaptą veiklą pradėjo ir studentų draugija – Filomatai, kurie savo švietėjišką veiklą tebetęsia ir dabar.
Visgi lituanistinės ir bendrąja prasme filologinės paskaitos oficialiai pradėtos dėstyti tik dar po amžiaus – jau 1919 m., kai paskelbus Lietuvos nepriklausomybę universitete atidarytas Humanitarinių mokslų fakultetas. Jame prof. J. Otrembskis (Otrębski), vadovavęs Indoeuropiečių kalbotyros katedrai, pradėjo skaityti pirmąsias paskaitas apie lietuvių kalbos gramatiką, M. Daukšos „Postilės“ interpretaciją, lietuvių dialektologiją, lietuviškų tekstų analizę, baltų kalbų žodžių darybą).
Uždarius Vilniaus universitetą, 1922 m. Humanitarinis fakultetas persikėlė į Kauno valstybinį universitetą, kuriame filologines studijas dėstė J. Jablonskis, M. Biržiška, J. Tumas-Vaižgantas, V. Krėvė-Mickevičius, B. Sruoga, o dar po dviejų dešimtmečių, 1939 m., Humanitarinis fakultetas vėl grįžta, jo dekanu tampa V. Mykolaitis-Putinas. Po karo, 1944 m., įkuriamas Istorijos-Filologijos fakultetas, kuriame nuo 1953 m. studentai priimami studijuoti lietuvių kalbą ir literatūrą bei rusų kalbą ir literatūrą, o vakariniame skyriuje – anglų kalbą ir literatūrą bei, vokiečių kalbą ir literatūrą.
1968 m. Istorijos-Filologijos fakultetas skilo į du jau ir dabar visiems gerai pažįstamus Filologijos ir Istorijos fakultetus, o nepriklausomybės atkūrimo Filologijos fakultete buvo įkurtos dar 5 naujos katedros: Baltistikos, Lituanistinių studijų, Lenkų filologijos (dabar – Polonistikos centras), Skandinavistikos (dabar – Skandinavistikos centras), Vertimo studijų.
Keičiantis dėstomiems dalykams, profesoriams bei studentams, kito ir Universiteto veidas. Universitetas per amžius gavo ar įsigijo nemažai naujų patalpų, kai kurios jų buvo statomos naujai arba perstatomos senų smuklių ar arklidžių vietoje. Tarp šių netgi skirtingų architektūrinių stilių pastatų formuojami perėjimai, jie jungiami į vientisą Universiteto ansamblį ir taip šiandien visame Universiteto centrinių rūmų ansamblyje gali pamatyti 13 žavių istorinių kiemelių, kurių didžioji dalis priklauso Filologijos fakultetui.
Motiejaus Kazimiero Sarbievijaus kiemas
Antras pagal dydį (po Didžiojo kiemo) Vilniaus universiteto kiemas 1919 m. gavęs retoriko ir poeto Motiejaus Kazimiero Sarbievijaus vardą, XVI a., Vilniaus kolegijos laikais, vadintas netgi šeimyniniu. Šiauriniame jo korpuse (kur dabar įsikūręs fakulteto dekanatas) buvo bravoras su salykline, stalių dirbtuvės, šeimyninė, kepykla, svirnai grūdams, arklidės, o rytiniame – gyveno kalviai, batsiuviai, siuvėjai, knygrišiai. XIX a. šie pastatai prarado ūkinę funkciją ir buvo perstatyti arba rekonstruoti, pastatuose įrengti butai profesoriams.
Rytiniame korpuse šiuo metu yra įsikūrusios Lietuvių literatūros, Lietuvių kalbos, Lituanistinių studijų, Baltistikos katedros, taip pat K. Donelaičio auditorija, o požeminiame praėjime, kuris šį kiemą jungia su „Domus Philologiae“, įrengta studentų laisvalaikio ir poilsio zona.
Vakariniame M. K. Sarbievijaus kiemelio sparne galima matyti rekonstruotą trijų aukštų bibliotekos pastatą, kuriame jėzuitų kolegijos laikais veikė vienuolių valgomasis ir kitos ūkinės bei kolegijos patalpos. Pietiniai kiemo pastatai yra tikriausiai seniausi, nes juose galima matyti dar nuo XVII a. išlikusias struktūras, menančias Akademijos laikais čia buvusias atviras arklides.
Simono Daukanto kiemas
Ši universiteto rūmų dalis yra daug vėlesnė už Sarbievijaus kiemo statinius. Ji pradėjo formuotis XVIII a. pabaigoje iš universitetui dovanotų Vilniaus didikų namų. Pastatas, jungiantis Daukanto ir Sarbievijaus kiemus, manoma, statytas XVI–XVII a. sandūroje ir naudotas ūkiniams reikalams. Ši kaip ir kitos aplinkinės Universiteto ansamblio dalys buvo paskirtos profesorių butams.
Šiaurinis ir vakarinis korpusai vėlesni. Ant šiaurinio korpuso sienos – skulptoriaus Romano Kazlausko sukurtas Simono Daukanto bareljefas. Vakarinis korpusas pritaikytas universiteto spaustuvei. Ant rytino pastato puikuojasi lotyniškas užrašas „Domus Philologiae“ (liet. Filologijos namai), jo antrojo aukšto Mūzų vestibiulį puošia garsaus Lietuvos grafiko Rimtauto Gibavičiaus freska, sukurta dar 1969 m. ir vaizduojanti devynias mūzas – menų globėjas. Ilgas koridorius veda prie kitos grafiko freskos, pagerbiančios žymiausius Lietuvos istorikus, poetus, dailininkus ir architektus. Klasikinės filologijos katedros vestibiulį taip pat puošia dailininko Vitolio Trušio iš lauko akmenų sukurta mozaika, vaizduojanti pagoniškus lietuvių dievus.
Pasakojama, kad pirmosios Lietuvos istorijos lietuvių kalba autorius Simonas Daukantas taip norėjęs mokytis Vilniaus universitete, kad į Vilnių atėjęs pėsčias iš Žemaitijos. Kiemelio viduryje augantis ąžuoliukas, čia pasodintas Universiteto 400 metų sukakties proga, atkeliavo iš istoriko gimtojo Klevų kaimo. Tačiau du pirmi ąžuoliukai šiame kieme neprigijo ir juos teko perkelti į prie Šv. Jonų bažnyčios esantį Konstantino Sirvydo kiemą, kur abu iškart prigijo ir tebeauga, tad dabar Daukanto kieme augantis ąžuolas yra jau trečiasis.
Adomo Mickevičiaus kiemas
Dabartinis Adomo Mickevičiaus kiemo vaizdas susiformavo po XIX a. antrosios pusės rekonstrukcijų, visus pastatus sujungus po bendru stogu ir užstačius vakarinę kiemo dalį. Anksčiau kiemą supę statiniai priklausė didikams Masalskiams, Zavišoms, Hevliams, Oginskiams. Rytinis kiemo sparnas pats seniausias – XVI a. jo vietoje prie gatvės stovėjo trys namai, kurie XVIII a. antroje pusėje buvo sujungti ir Vilniaus vyskupas Ignotas Jokūbas Masalskis juos 1775 m. padovanojo Vilniaus universitetui. Juose planuota įrengti valstybinį moksleivių bendrabutį.
Pietinį sparną XVIII a. pr. Aleksandras Oginskis užrašė jėzuitams ir kaip palikimą perdavė universitetui. Pastato restauracijos metu 1968 m. atidengtas gotikinis namo fasadas iš Pilies gatvės pusės. Uždarius universitetą rytiniame korpuse veikė Vilniaus II gimnazija. Po Antrojo pasaulinio karo rytiniame korpuse kurį laiką buvo įsikūręs Lietuvos istorijos etnografijos muziejus. Pietinis kiemo sparnas statytas XVIII a. pabaigoje.
1795 m. Adomo Mickevičiaus kiemo pastatuose įrengta Vilniaus kadetų korpuso artilerijos mokykla, veikusi iki 1806 m. Vėliau pastatas atiteko universitetui. Jame iki 1832 m. gyveno universiteto rektorius Stanislavas Malevskis, o namas buvo vadinamas rektorių namais. 1955 m., poeto 100-ųjų mirties metinių proga, ant šio pastato iš Pilies gatvės pusės, virš vartų į kiemą, buvo iškilmingai atidengta memorialinė lenta.
Simono Stanevičiaus kiemas
Šį kiemą kaip ir kitus supa keliaaukščiai pastatai, kuriuose buvo butai, o dabar – Filologijos fakulteto auditorijos ir kabinetai. Archyviniuose dokumentuose minima, kad XVI–XVII a. sandūroje prie Pilies gatvės buvo pastatytas dviejų aukštų mūrinis namas ir ūkinis korpusas kiemo gale. 1666 m. namą nusipirko P. Pozniakas, iš kurio 1672 m. jį perėmė Ambraziejaus Beinarto bursa. Triukšminga kaimynystė patiko ne visiems, miestiečiai skundėsi studentų eibėmis, tad, kai XVIII a. namas atiteko Vilniaus katedros kapitulai, studentai jame nebegyveno, jis imtas nuomoti miestiečiams.
Pastatai 1748 m. nukentėjo nuo gaisro, suremontuoti tik XIX a. pr.: užstatyti abiejų korpusų tretieji aukštai, pakeista fasado puošyba. Žinoma, kad 1808 m. name L. Volfas turėjęs cukrainę, vėliau veikė smuklė, o nuo 1857 m. jis priklausė gimnazijai. 1873 m. pastatas prijungtas prie universiteto ansamblio: pastatai per antro aukšto koridorius sujungti su kitais Vilniaus universiteto architektūrinio ansamblio korpusais. Tarpukariu pastate įrengti butai, o 1966–1968 m. kiemo fasadai atnaujinti.
Šis kiek izoliuotas nuo visų rūmų kiemas pavadintas vieno iš Vilniaus universiteto studentų, žemaičių sąjūdžio dalyvio, lietuvių rašytojo ir tautosakininko Simono Stanevičiaus vardu.
Arkadų kiemelis
XVII a. buvo sujungti du Skapo gatvėje stovėję namai ir susidarė uždara nedidelė erdvė. XVIII a. šio kiemelio pastatai priklausė Korvinų-Kosakovskių šeimai, o 1815 m. atiteko Universitetui, kur 1832 m. įrengti butai gimnazijos mokytojams. 1873 m. Simono Daukanto kiemo šiaurinės pusės namai sujungti uždara arkų galerija. Taip atsiskyrė nedidelė, jauki erdvė, šiuo metu vadinama Arkadų kiemeliu.
Įvažiavimą iš Skapo gatvės dengia barokiniai cilindriniai skliautai su lunetėmis ir ramstinėmis arkomis, o kiemelio puošmena – metaliniai vartai į Skapo gatvę, iškalti pagal skulptoriaus Juozo Kėdainio projektą, puošti tautodailės motyvais.
Lauryno Stuokos-Gucevičiaus kiemas
Iki XVIII a. pab. aplinkiniai kiemelio pastatai priklausė Oginskiams, vėliau Pliateriams. Kai 1775 m. Edukacinė komisija įsigijo į rytus nuo M. K. Sarbievijaus kiemo esantį namą ir jai atiteko jėzuitų turtai, universiteto rūmų kompleksas prasiplėtė iki Pilies gatvės. Pastatų erdvė ir planinė struktūra klasicizmo ir istorizmo laikotarpių, išliko daug gotikinių elementų, aplink šį kiemelį esančiuose pastatuose įsikūrė Lietuvos artilerijos kadetų mokykla, o universiteto auklėtinis, profesorius, Vilniaus katedros, rotušės ir Verkių rūmų statytojas Laurynas Stuoka-Gucevičius vadovavo Architektūros katedrai, skaitė matematikos, topografijos ir fortifikacijos paskaitas.
1795 m., Lietuvai tapus Rusijos imperijos dalimi, pastatuose įsikūrė rusų kadetų korpusas. Kai 1806 m. kadetų korpusas perkeltas į Gardiną, kelerius metus čia buvo gimnazija, 1812–1815 m. – ligoninė. Po 1873 m. perstatymų šioje vietoje susiformavo uždaras puikios akustikos kiemas. Čia įsikūrė Vilniaus mokytojų institutas. 1919 m. namas vėl atiteko universitetui.
Po Antrojo pasaulinio karo, kaip ir gretimame name Pilies g., iki 1968 m. veikė Lietuvos istorijos ir etnografijos muziejus. Atkasus ir restauravus gotikinius rūsius, buvo įrengta studentų kavinė „Žaltvykslė“ ir universiteto kamerinis teatras. Šiaurinio korpuso sienoje pritvirtinta skulptoriaus Konstantino Bogdano sukurta memorialinė lenta su Gucevičiaus reljefu.
